운정신도시 중심상업지역 P1,P2블럭에는 3,413세대(아파트 744세대, 오피스텔 2,669호)  높이 172m의 초고층 복합건축물이 들어설 예정이다.

파주시는 신도시 지역은 2008년 9월에 군사시설보호구역에서 해제되었으므로 「군사시설보호법」상 군협의 대상이 아니며, 2020년 11월 감사원 사전컨설팅을 통해 군작전성 협의를 반드시 거쳐야 하는 것은 아니라는 의견을 회신받아 2021년 4월 사업계획승인 처리하였다.

일부 언론에서 군작전성 문제가 있다는 지적이 있어 이를 해소하기 위해 파주시는 적극 중재 자리를 마련하여 국방부는 그동안 주장하던 131m 고도제한 의견에서 한발 양보하여 현실적인 작전계획을 변경 수립하고 사업시행자가 이를 적극 수용하는 것으로 협의하였으나

최근 군협의 해제년도에 대한 국방부와 파주시의 의견이 다르다며 파주시장이 잘못된 사실관계를 가지고 시민들게 답변하였다는 주장이 나오고 있어 또다른 국방부와 파주시사이의 갈등을 부추기고 있다.

국방부는 운정신도시 지역이 1990년대에 군사시설보호구역에서 해제된 지역이라고 주장하였으나 운정신도시는 최초 택지개발지구지정시 군사시설보호구역과 해제지역이 혼재된 지역으로 9사단 의견에 따라 군사시설보호법령상 군협의를 받아왔다.

파주시에서는 “2008년 교하지구 및 운정지구 전체지역이 군사시설보호구역에서 해제됨에 따라 운정신도시 전 지역은 군협의 대상지역이 아님을 확인하여 답변한 사항으로, 이는 잘못된 사실관계를 가지고 시민들게 답변한 것이 아니며 오히려 운정신도시 지역의 군사시설보호구역에 대한 실질적 사실관계를 검토하여 답변드린 사항으로 더 이상 국방부와 파주시간의 갈등으로 발전해서는 안된다”고 밝혔다.

파주 운정신도시가 군작전상 중요한 지역이었다면 고양시 삼송택지개발지구 사례처럼 군에서 필요한 지역에 한해 고도제한을 걸거나 대공방호구역으로 묶는 의견을 제시하여 토지이용계획확인원이나 운정신도시 지구단위계획에 미리 반영하여 혼란을 방지할 수 있었을 것이다.

또한 고양시 탄현역 주상복합시설은 지상 59층, 건축높이 207m에 달하여 운정역 P1,P2 주상복합시설보다 35m 더 높은 초고층으로 황룡산으로부터 작전 반경 3Km안에 들어오지만 2000년 군사시설보호구역 해제되어 아무런 군작전성 협의 없이 건축되었음에도 P1,P2 주상복합시설에 대하여만 군작전성 문제를 제기하는 것도 형평성 문제가 있다.

다소 아쉬움이 있지만 파주시의 중재로 국방부와 사업시행자가 협의안을 마련하여 협상에 들어간다고 하니 상호 성공적인 협의가 이루어지길 기대하며 국방부와 파주시의 갈등을 부추겨 시민들이 불필요한 걱정을 하는 일은 더 이상 없어야 할 것이다.

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