'장애인복지법'에 따라 장애등급 1급부터 6급까지로 등록된 사람에 대해서는 지방병무청장이 매년 11월부터 12월말까지 정부 3.0 정책방향에 따른 협업으로 시군구를 통해 장애인증명서 및 장애진단서의 내용을 확인하여 직권으로 병역처분을 하고 있다.

다만, 중증 장애인(장애 1급～3급)에 대해서는 징병검사를 생략하고 장애진단서 등 서류심사로 병역면제 처분하나, 비교적 경증 장애인(장애 4급～6급)은 장애등급 판정기준과 징병신체등급 판정기준이 불일치하는 사례가 많아 선별적으로 징병검사를 실시하여 신체등위에 따라 병역처분하고 있다.

한편, 장애인 등록자에 대해서는 징병검사를 하지 아니하고 서류심사로 병역면제 처분함을 악용하여 허위로 진단서를 발급받은 후 장애등록하여 병역을 면제받으려는 시도가 지속적으로 발생함에 따라 2014부터는 장애진단을 받은 자 중 징병검사를 받아야 하는 장애 유형을 종전 19개에서 75개로 확대했다.

징병검사에서 현역 또는 보충역 판정 받은 사람이 이후에 같은 질병으로 장애 등록하여 새로이 병역면제 신청할 경우에는 징병검사를 받도록 병역법령을 개정하였다.